标记功能是探索《无人深空》庞大宇宙的核心辅助手段，玩家可通过多种方式标记关键位置以方便回溯与导航。航路点系统、实体信标建造以及星图界面操作构成基础标记框架，不同方法适用于短期定位、长期驻点及跨星系导航等场景。合理运用这些功能能显著提升星际探索效率。

航路点系统提供最快捷的临时标记方案。发现星球、建筑或其他兴趣点时，打开发现物菜单（默认快捷键F），将光标悬停于目标条目并按鼠标中键设定为当前航路点。该位置会立即在平视显示器（HUD）和星际地图中以显著图标高亮显示，提供持续导航指引。此类标记主要用于当前星系内的短途目标追踪，重新载入游戏或远离标记区域后可能失效。

对于需要长期驻留或跨星系返回的关键地点，建造信标是更可靠的解决方案。信标属于基地建设物品，需先在科技树解锁其蓝图。解锁后在行星地表选定位置，开启建筑菜单（默认Z键）选择并放置信标。成功放置后，信标将释放高耸的彩色光束，即便在太空中亦清晰可见，形成强视觉定位参照。需注意信标标记范围通常限于其所在的恒星系，离开该星系后需依赖其他导航手段返回。

星际地图本身集成强大的标记功能。开启星系星图界面后，浏览并选中目标恒星系，根据界面提示按键（如F键）即可将其设为航路点。系统会生成跃迁路径线，引导玩家进行超光速航行。对于行星表面的精确坐标定位，可借助分析面甲（默认F键）扫描环境，将准星对准特定位置并按预设标记键生成临时导航点。此方式辅助短距离寻路效果显著，但标记数量受限且非永久性。信号增强器提供另一种精准定位方案，消耗导航数据可筛选并标记居住地或外星结构等特定目标。

联机模式下标记空间站存在特殊性。玩家无法直接采用常规标记方式，需采用间接策略：驾驶飞船进入目标空间站停靠后离舱，系统自动生成存档点等同于标记该位置。跨星系标记复杂地点需依赖坐标系统，通过遗迹传送门获取16位图形符号组成的符文地址，在任意传送门输入完整序列可实现精准星际传送。发现物列表管理同样支持跨星系航路点设置，但需手动执行多次跃迁。